Это, естественно, одна из возможных версий. Киллеры охраняли Шерлока. Он думает — потому что у него в голове код, но кода нет, так почему же киллеры, если они от Мориарти, так себя вели? Можно предположить, что они были не от Мориарти (или не все — от него). Возможно, что и Джима преследует какая-то организация, даже, может, не одна, желая получить выдуманный им код. Поэтому он хочет изобразить свое самоубийство и скрыться (возможно, мысль скрыться пришла раньше по другим причинам, и он придумал историю с кодом, чтобы объяснить "самоубийство" заинтересованным лицам, пожелавшим заполучить код.
Amethyst deceiver так мне объяснила, как можно истолковать сцену с рукопожатием Шерлока и Джима (она писала сразу после просмотра, я цитирую как есть): "считается, что этот самый код, которого на самом деле нет, Шерлок может передать через рукопожатие - поэтому убийцы (посланные заинтересованными в получении кода организациями) берегут самого Шерлока, но отстреливают тех, кого подозревают в получении кода (никто ведь не хочет, чтобы сокровище оказалось у конкурентов) - потому и албанского киллера сразу пристрелили, т.е. решили, что Шерлок продал ему код и передал через рукопожатие. Потому и близких друзей Шерлока пасут - возможно, он захочет совершить сделку с кем-нибудь через них и передаст им код. Потому Джим посылает Шерлоку пряничного человечка-подсказку, чтобы он убежал и от полиции и из дома. Потому Джим на квартире у Китти, как только Шерлок к нему бросился, заорал, чтобы тот его и пальцем не трогал и не прикасался и убежал - иначе бы его сразу пристрелили. Потому Джим на крыше, когда подходит время, "стреляется" еще не завершив рукопожатия - отними он руку, его сразу пристрелят по-настоящему. Поэтому (и чтобы не застал операцию по спасению в самом разгаре) велосипедист сбивает Джона - чтобы не успел прикоснуться у Шерлоку - вдруг подумают, что Шерлок, умирая, передал код Джону. Джон хватает Шерлока за руку, но за запястье, а не за ладонь - и руку Джона сразу отрывают - и тогда показывают, что от Джона отводят прицел". А когда Шерлок хватал Джима на крыше до этого рукопожатия, Джим отводил от него руки, так что видно было, что он ничего у него не берет.
Я, повторяю, не уверена ни в том, что Джим умер, ни в том, что он жив, я думаю, авторы оставили себе возможность выбора.